Para facilitar a nomenclatura dos resultados citológicos obtidos a partir da amostra colhida na PAAF, um grupo de especialistas estabeleceu um consenso, em 2009, denominado Classificação de Bethesda, que, além de qualificar os achados em seis categorias diferentes, sugere uma conduta para cada caso. Assim, as punções anteriormente determinadas como “não diagnósticas” foram renomeadas como “insatisfatórias”, passando a figurar na categoria I. As demais vão da categoria II (benigna) até a VI (maligna). 

Incluindo aproximadamente 70% dos casos, a classe II é constituída de nódulos coloides, na maioria dos casos, cistos benignos e tiroidites linfocitária, aguda e subaguda (granulomatosa). As classes V e VI incluem principalmente o carcinoma papilífero, que apresenta alterações celulares específicas desse tipo de neoplasia, porém outros tumores também podem fazer parte dessa classificação, como os carcinomas medular e anaplásico e o linfoma de tiroide. 

A antiga denominação de “punção suspeita” foi substituída por “indeterminada” e dividida em duas categorias (III e IV), que representam de 15% a 30% dos resultados de PAAF e apresentam risco de malignidade de 5-15% (categoria III) e de 15-30% (categoria IV). 

Vale adicionar que alguns estudos, desde 2011, vêm mostrando a aplicabilidade clínica de marcadores de expressão gênica e da pesquisa de rearranjos e mutações em genes-alvo na avaliação dos nódulos tiroidianos.