Orientações necessárias
Orientações do cliente
I - Informações sobre o exame:
- Este é um teste que permite identificar variantes pontuais, pequenas deleções e inserções e alterações do número de cópias nos genes BRCA1 e BRCA2, assim como identificar outras alterações que causam deficiência na via de reparo por recombinação homóloga através de uma pontuação (escore) relativa à instabilidade genômica (avaliado por três biomarcadores: perda de heterozigosidade, desequilíbrio alélico telomérico e grandes transições), seguida de análise das variantes genômicas por meio de inteligência artificial e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizada por equipe especializada. O exame é ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas) e tem por objetivo identificar e interpretar alterações moleculares acionáveis, auxiliando o clínico na tomada de decisões terapêuticas. O resultado deve ser interpretado à luz de outros achados clínicos, radiológicos e/ou histopatológicos.
II - Critérios de realização:
- Para a realização deste exame é necessária solicitação médica.
- É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.
- Poderão ser aceitos os seguintes materiais:
- Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);
- Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)
- Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em porta-lâminas.
ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.
- O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.
- Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico (abrir item ANATPATP ou ANATPATPTE) para confirmação do diagnóstico naquela amostra.
- É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 30%.
- É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.
Manual do exame
Orientações necessárias
I - Informações sobre o exame:
- Este é um teste que permite identificar variantes pontuais, pequenas deleções e inserções e alterações do número de cópias nos genes BRCA1 e BRCA2, assim como identificar outras alterações que causam deficiência na via de reparo por recombinação homóloga através de uma pontuação (escore) relativa à instabilidade genômica (avaliado por três biomarcadores: perda de heterozigosidade, desequilíbrio alélico telomérico e grandes transições), seguida de análise das variantes genômicas por meio de inteligência artificial e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizada por equipe especializada. O exame é ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas) e tem por objetivo identificar e interpretar alterações moleculares acionáveis, auxiliando o clínico na tomada de decisões terapêuticas. O resultado deve ser interpretado à luz de outros achados clínicos, radiológicos e/ou histopatológicos.
II - Critérios de realização:
- Para a realização deste exame é necessária solicitação médica.
- É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.
- Poderão ser aceitos os seguintes materiais:
- Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);
- Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)
- Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em porta-lâminas.
ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.
- O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.
- Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico (abrir item ANATPATP ou ANATPATPTE) para confirmação do diagnóstico naquela amostra.
- É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 30%.
- É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.
Para saber sobre estes exames e como realizar, acesse:
https://www.fleurygenomica.com.br/
Processamento e adequação da amostra
- Enviar o material (lâminas, material fresco ou blocos de parafina) à Seção de Anatomia patológica junto com cópia do laudo anatomopatológico original (quando o material não tiver sido analisado no Fleury) em temperatura ambiente.
Método
As amostras tumorais fixadas serão avaliadas por médico patologista que fará a seleção da área tumoral representativa. Dez seções de cada tumor serão utilizadas para a extração do DNA. O protocolo segue com um preparo inicial para a fragmentação enzimática das moléculas de DNA e inserção de adaptadores com indexes únicos. A captura e enriquecimento da região-alvo (genes BRCA1 e BRCA2 e escore de instabilidade genômica) é realizada com kit Illumina TSO 500HT+HRD. Após o sequenciamento de nova geração (NGS) das sequências-alvo, utilizando-se a plataforma NovaSeq6000 (illumina), é realizado o alinhamento das sequências e detecção de variantes com base na versão do genoma GRCh37, utilizando pipeline Illumina (versão 3.10) e o escore de instabilidade é realizado por um módulo específico da DRAGEN (Powered by Myriad). O critério mínimo de qualidade do sequenciamento exige profundidade de cobertura maior ou igual a 100X para no mínimo 98% da região alvo. São reportadas as alterações pontuais e pequenas deleções e inserções em regiões com cobertura mínima de 100X e frequência alélica mínima de 2% para SNVs e 5% para Indels (pequenas inserções e deleções). São reportadas alterações de número de cópias (perdas em homozigose ou heterozigose e
ganhos de quatro vezes ou mais) de ao menos 1 exon. Variantes detectadas com critérios inferiores ao mínimo estabelecido podem ser reportadas a depender de sua relevância clínica. Este teste NÃO avalia fusões gênicas, e pode não detectar deleções ou inserções de tamanho intermediário como, por exemplo, inserções do tipo Alu. Os dados do sequenciamento são processados em um pipeline de bioinformática desenvolvido e validado internamente. As variantes identificadas e filtradas nesse pipeline passam por uma anotação gênica que utiliza a inteligência artificial Franklin by GENOOX que classifica as variantes em cinco categorias: patogênica, provavelmente patogênica, significado incerto (VUS), provavelmente benigna, ou benigna. Variantes com classificação provavelmente benigna ou benigna não são reportadas. Este teste NÃO faz distinção entre variantes somáticas e variantes germinativas e, portanto, não tem a intenção de fornecer informações sobre a predisposição ao câncer. A classificação de variantes somáticas adotada neste teste não deve ser utilizada, transposta ou interpretada para diagnóstico de doença de origem germinativa. Para variantes encontradas associadas com síndromes de predisposição hereditária ao câncer considerar, a critério clínico, investigação por teste germinativo complementar. Para o escore de instabilidade genômica são avaliados três biomarcadores (perda de heterozigosidade, desequilíbrio alélico telomérico e grandes transições) que indicam a positividade para valores igual ou maior que 42. Os resultados de cada caso são discutidos individualmente por uma equipe multidisciplinar composta por médicos patologistas moleculares, geneticistas e equipe técnico-científica para a confecção do laudo.
Interpretação e comentários
A avaliação de variantes somáticas nos genes BRCA1 e BRCA2 assim como a mensuração do escore de instabilidade genômica permitem a identificação de proficiência ou deficiência na via de reparo por recombinação homóloga, podendo assim direcionar terapia com inibidores de PARP. Nesse teste são avaliadas as seguintes alterações:
-alterações de nucleotídeo único (SNVs)
-pequenas inserções e deleções (INDELs)
-amplificações e perdas gênicas ou de ao menos 1 exon (CNVs)
-Escore de instabilidade genômica - valor calculado com base em algoritmo da Myriad que leva em consideração 3 cicatrizes genômicas - perda de heterozigose (LOH), desbalanço alélico telomérico (TAI) e grandes transições (LST).
Os resultados são acompanhados por um laudo interpretativo, com dados que incluem as variantes identificadas e sua associação terapêutica.
